تهدف هذه المهمة إلى تحويل المخلفات والمنتجات الثانوية الناتجة عن صناعة الأغذية إلى مكونات أو منتجات جديدة، حيث يتم إعادة إدخالها إلى السوق. وتشمل هذه المهمة إعادة استخدام وتدوير المخلفات الحيوانية أو النباتية لتصبح موادا قابلة لإعادة الاستخدام. ويساهم كل إجراء من إجراءات التثمين في تقليل استخدام المواد الأولية والحفاظ على البيئة، ويجسد المبدأ القائل بأنّ المخلفات هي موارد ينبغي استغلالها وليست نفاية يتم التخلص منها.

يكرّس القسم جهوده لتثمين التراث الزراعي الغذائي الجزائري الغني وكذلك الحفاظ عليه. وتركز أعماله على المنتجات المحلية التي تعكس الخصائص الجغرافية والثقافية للمناطق المختلفة. حيث يدرس القسم الأساليب التقليدية للإنتاج والتحويل، ويطوّر تقنيات للتحليل الحسّي لهذه المنتجات. الهدف هو الإسهام في منح هذه المنتجات المحلية شهادات الجودة والترويج التجاري لها، مما يعزز قيمتها الاقتصادية والثقافية.
تعتبر هذه المنتجات الإقليمية والموسمية، مثل الخضروات والفواكه ومشتقات الحليب، مشهورة بجودتها العالية وطعمها الفريد وفوائدها الصحية، لأنها تُزرع عادة محليًا باستخدام القليل من المبيدات أو دونها. ويعد التحدي الكبير في هذه المهمة هو تسهيل الوصول إلى الأسواق المحلية والدولية لهذه المنتجات من أجل تشجيع الإنتاج المحلي وتقليل الاعتماد على الواردات.

تشجع هذه المهمة على الابتكار في تطوير منتجات غذائية جديدة مميزة. ويركز القسم على إنشاء منتجات غذائية مبتكرة تجمع بين التقاليد والحداثة، بالاعتماد على الثروات المحلية الجزائرية. كما يستكشف القسم تقنيات جديدة لتحويل الأطعمة وصياغتها، مع الحرص على الحفاظ على الجودة الغذائية والحسية لهذه المنتجات.

يجري القسم أبحاثًا حول آثار التغير المناخي على النظم الزراعية الغذائية في الجزائر، وبالأخصّ ارتفاع درجات الحرارة، الفيضانات، العواصف، والحرائق. وتعتبر منظمة الأغذية والزراعة هذه الظواهر من الأسباب الرئيسية لانعدام الأمن الغذائي العالمي. يحلّل القسم تأثيرات التغير المناخي على الإنتاج الزراعي واستقرار السلسلة الغذائية باستخدام نماذج تنبؤية وأساليب منهجية. ولمواجهة هذه التحديات، يطور القسم استراتيجيات مبتكرة للتكيف تهدف إلى استقرار الإنتاج الغذائي. وتستهدف هذه الحلول الحفاظ على الموارد الطبيعية وحماية البيئة، مع تعزيز مرونة النظم الزراعية، لضمان الأمن الغذائي المستدام رغم تأثيرات التغير المناخي.

يعمل القسم على تطوير أساليب لتسيير أنجع للموارد الزراعية وتقليص النفايات الغذائية. ويشمل ذلك تحسين تقنيات التخزين والتحويل والتوزيع للمواد الغذائية. كما يعمل القسم على إيجاد حلول تعبئة مبتكرة وتكنولوجيات حفظ لتمديد فترة صلاحية المنتجات الغذائية.